宗教団体「かがやきの世界」が真犯人側になるのは、誰がやったか分からなかったことを宗教団体と言う集団の誰かがやったということで片付けられるので、そういうずるい感じのことはしない、と思っていました。凌介を報道で知って邪悪だと思って成敗しようとしているだけで、視聴者のミスリードを誘っていると。
しかし、今回、篤斗が「かがやきの世界」の関係の車で連れ去られたことが分かり、「かがやきの世界」所属の木幡さんが凌介と篤斗の親子関係を詳しく知っていたと言うことから、報道される前から「かがやきの世界」が事件に関わっていると言うことで間違いないようです。
推理物は、前半で問題編、後半で回答編と言う構成が多いかと思いますが、「真犯人フラグ」は2クール目が「真相編」と言う副題でいかにも回答編っぽいけれど、実際は終盤まで決定的な情報は示されずに問題編が続く感じだと思います。「あなたの番です」がそんな感じだったので。
なのでいまだ情報が少ない中、あくまで想像しかできないのですが、瑞穂は教祖の娘なのではないでしょうか。そして少女の頃に凌介に何か助けられたことがあって（今回、凌介が自分を襲った女学生の家庭のDVを何とかするよう警察に強く言っていたのがたぶんオーバーラップしている）、凌介への強い思いを持つようになり追っかけて来ている。教祖は娘が自分の元を離れたのは凌介のせいだと、娘奪還のために凌介を亡き者にしようとした。それも単純に殺すのではなく娘が嫌いになるような殺人者に仕立て上げて殺そうとする。それでも結局瑞穂と凌介は真犯人を明らかにして、徹頭徹尾助けてくれた瑞穂を凌介も好きになる…がそれこそが実は瑞穂の望んだ世界だった、この親にしてこの子ありみたいなブラックな終わり方をする、と。もしかしたら爽やかに終わるかも知れないけれどw。